La puesta museográfica es de carácter documental en relación con los espacios físicos en donde sucedieron los hechos.

El recorrido de la muestra permanente consta de 17 salas, que contienen dispositivos museográficos tradicionales y contemporáneos, más dos espacios destinados a muestras temporarias. Las 17 salas son las siguientes: Acceso; Recepción; Hall; Contexto Histórico; Historia de la ESMA: de Escuela a Centro Clandestino; Dormitorios de los oficiales de la Armada; Capucha; Capuchita; Embarazadas; Pecera; Pañol; Los Jorges; La Casa del Almirante; Sótano; Traslados; Salón Dorado; Plaza Memoria, Verdad y Justicia.