En el año 2004, la Armada Argentina entregó el Casino de Oficiales completamente vacío, sin objetos ni elementos de las prácticas concentracionarias. Desde la apertura del Museo en el año 2015, familiares de personas desaparecidas y sobrevivientes comenzaron a acercarse poco a poco a ofrecer sus acervos personales. En general se trata de objetos que pertenecieron o fueron realizados por las y los detenidos desaparecidos durante su cautiverio. También hay elementos de represión (esposas, grilletes, entre otros) y documentos falsificados, producto del trabajo esclavo que las y los sobrevivientes lograron sacar del Centro Clandestino.
A su vez, jueces y fiscales comenzaron a solicitar al Museo Sitio de Memoria la guarda de fondos documentales. A partir de los pedidos, se recibieron expedientes y documentación de causas judiciales asociadas a este Centro Clandestino destinados a difundir y transmitir a la sociedad argentina los hechos acontecidos a las víctimas del terrorismo de Estado, ocurridos en el ámbito físico de su detención, así como sus antecedentes y consecuencias.
En la muestra permanente se exponen fotos de objetos y documentos, que fueron depositados en el Archivo Nacional de la Memoria con procedimientos adecuados de conservación. También las muestras temporarias del Museo Sitio de Memoria se nutren de estas colecciones.
